Açıklama

Veri Seti Açıklaması (English)

Alzheimer-OCT (AOCT) Dataset

Dataset overview

The Alzheimer-OCT (AOCT) Dataset is a clinical ophthalmic imaging dataset developed to support research on the detection of Alzheimer's disease (AD). The data were collected in a prospective study conducted at Antalya Training and Research Hospital, Türkiye, between 2023 and 2025.

The released dataset contains data from 31 volunteer participants: 25 patients with AD and 6 healthy controls. It includes:

• 57 volumetric optical coherence tomography (OCT) acquisitions;
• 438 OCT/OCT angiography (OCTA) scans; and
• 176 fundus images.

The dataset also contains selected demographic and clinical examination data, as described in veri_metadata.xlsx.

Related code

The code and two-dimensional and three-dimensional deep-learning models developed for this project are available in the project GitHub repository.

Ethics approval

The study was approved by the Koç University Clinical Research Ethics Committee (date: 1 March 2023; decision no. 2023.071.IRB1.023). Data collection was conducted in accordance with the Declaration of Helsinki. Participant consent was documented using a voluntary informed consent form.

Data privacy and de-identification

All participant data and images in this release have been de-identified. The released files do not contain direct personal identifiers, such as names or national identification numbers.

The file matching_ids.csv, located in the root directory, links the de-identified identifiers used for the OCT, OCTA and related data belonging to the same participant. It does not contain direct personal identifiers.

Participant eligibility

Patient group

Patients assessed at the neurology outpatient clinic were eligible if neurological examination and Mini-Mental State Examination (MMSE) findings supported a diagnosis of mild or moderate AD or mild cognitive impairment. The released cohort described above comprises 25 participants classified in the dataset as patients with AD. The AH group of 25 people includes a total of 12 Alzheimer's patients, 10 of whom are mild and 2 of whom are mid-stage, and 13 cases of Mild Cognitive Impairment (MDD).

Healthy control group

Controls were recruited from individuals attending the ophthalmology outpatient clinic for refractive assessment who had no identified ocular pathology.

Exclusion criteria

Participants with a neurodegenerative disease other than AD were excluded. Participants with ocular conditions that could affect retinal imaging or measurements, including glaucoma, diabetic retinopathy, age-related macular degeneration and cataract, were not included in the AD, mild cognitive impairment or healthy control groups.

Collected information

The study collected:

• neurological examination results;
• age and sex;
• voluntary informed consent documentation;
• ophthalmological examination findings; and
• source data from OCT and OCTA acquisitions.

Consent forms are not included in the released dataset.

Imaging device and acquisition

• Device: Optovue RTVue-XR
• Acquisition parameters: See Optovue_Parameters.pdf included with the dataset.

Access and licence

All files in this release are openly accessible. The dataset is distributed under the Creative Commons Attribution 4.0 International licence (CC BY 4.0). The data may be shared and adapted for any purpose, provided that appropriate credit is given, a link to the licence is supplied and any changes are indicated.

The dataset is deposited in Aperta, the TÜBİTAK ULAKBİM open data repository, for long-term preservation and access. Its management follows the TÜBİTAK research data management and sharing framework.

Directory structure

The root directory, ExportAntalya, is organised as follows:

ExportAntalya/
├── matching_ids.csv
├── veri_metadata.xlsx
├── BscansAnonymus/
├── ExportAngioAnonymus/
├── OCT/
└── ExportXML/
    ├── *.xml
    ├── curve/
    ├── ExportAngio/
    └── map/

Directory and file descriptions

• matching_ids.csv: Reference table linking the de-identified participant identifiers used across different data types.
• veri_metadata.xlsx: Selected examination and participant data for the patient and control groups.
• BscansAnonymus/: OCT B-scan images in JPEG format.
• ExportAngioAnonymus/: OCTA images in PNG format.
• ExportXML/: XML acquisition metadata and the subdirectories described below.
  • curve/: Retinal layer data, including layers, OD (right eye), OS (left eye) and XML-format directories.
  • ExportAngio/Analysis/: Acquisition analysis reports, including files such as Anonimized_ExportParameters_Macula_6mm and Retina3DFlowDensityExportResult.
  • map/: Raw OCT map data in .raw format.
  • OCT/: Original .OCT files, fundus images in BMP format and associated metadata in text format.

Reading the raw OCT files

The raw .OCT files under ExportXML/OCT/ can be opened and exported using the Python-based OCTExplorer library. Users should consult the OCTExplorer documentation and verify exported dimensions, spacing and metadata before analysis.

Related publication (please cite)

Büşra Sahin, Yasemin Turkan, Fatih Arpacı, Ozan Arslan, Sude Dilay Tunç, Gonca Kaplan, Devrim Toslak, Mehmet Bulut, Aylin Yaman and Faik Boray Tek. “Alzheimer-OCT Dataset and Detection of Alzheimer’s Disease Using Deep Learning.” SIU 2026, Istanbul, Türkiye.

The complete bibliographic information will be added when it becomes available.

Project team and contributors

Yasemin Turkan, Fatih Arpacı, Ozan Arslan, Büşra Sahin, Öykü Eren, Miraç Buğra Özkan, Serdar Nazlı, Ömer Faruk Aydın, Efe Kırbıyık, Elif Kuş, Abdullah Kavaklı, Mevlüt Celal Öcal, Devrim Toslak, Mehmet Bulut, Aylin Yaman and Faik Boray Tek.

Financial and resource support

TÜBİTAK, the family of Yusuf Kenan Küçükaslan, BEMO Group.

Website

octa.itu.edu.tr

Version date

June 2026

Veri Seti Açıklaması (Turkish)

Alzheimer-OCT (AOCT) Veri Kümesi

Veri kümesi hakkında

Alzheimer-OCT (AOCT) Veri Kümesi, Alzheimer hastalığının (AH) tespitine yönelik araştırmaları desteklemek amacıyla oluşturulmuş bir klinik göz görüntüleme veri kümesidir. Veriler, 2023–2025 yılları arasında Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde yürütülen prospektif bir çalışma kapsamında toplanmıştır.

Yayımlanan veri kümesi, 25 AH hastası ve 6 sağlıklı kontrol olmak üzere toplam 31 gönüllü katılımcıya ait verileri içermektedir. Veri kümesinde:

• 57 hacimsel optik koherens tomografi (OCT) çekimi;
• 438 OCT/OCT anjiyografi (OCTA) taraması; ve
• 176 fundus görüntüsü

bulunmaktadır.

Veri kümesi ayrıca veri_metadata.xlsx dosyasında açıklanan bazı demografik bilgileri ve klinik muayene verilerini içermektedir.

İlgili kodlar

Proje kapsamında geliştirilen iki ve üç boyutlu derin öğrenme modelleri ile kaynak kodlara projenin GitHub deposundan erişilebilir.

Etik kurul onayı

Çalışma, Koç Üniversitesi Klinik Araştırmalar Etik Kurulu tarafından onaylanmıştır (tarih: 1 Mart 2023; karar no. 2023.071.IRB1.023). Veri toplama süreci Helsinki Bildirgesi'ne uygun olarak yürütülmüştür. Katılımcıların onamları Bilgilendirilmiş Gönüllü Olur Formu kullanılarak kayıt altına alınmıştır.

Veri gizliliği ve kimliksizleştirme

Bu sürümdeki tüm katılımcı verileri ve görüntüler kimliksizleştirilmiştir. Yayımlanan dosyalarda ad, soyadı veya T.C. kimlik numarası gibi doğrudan kişisel tanımlayıcılar bulunmamaktadır.

Ana dizindeki matching_ids.csv dosyası, aynı katılımcıya ait OCT, OCTA ve ilgili diğer veri türlerinde kullanılan kimliksizleştirilmiş tanımlayıcıları eşleştirir. Bu dosya doğrudan kişisel tanımlayıcı içermez.

Katılımcı uygunluk ölçütleri

Hasta grubu

Nöroloji polikliniğinde değerlendirilen hastalar, nörolojik muayene ve Mini-Mental Durum Değerlendirmesi (MMSE) bulgularının hafif veya orta evre AH ya da hafif bilişsel bozukluk tanısını desteklemesi durumunda çalışmaya alınmaya uygun kabul edilmiştir. Yukarıda belirtilen yayımlanmış kohort, veri kümesinde AH hastası olarak sınıflandırılan 25 katılımcıyı içermektedir. 25 kişilik AH grubu; 10’u hafif ve 2’si orta evre olmak üzere toplam 12 Alzheimer hastası ile 13 Hafif Bilişsel Bozukluk (HBB) vakasını içermektedir.

Sağlıklı kontrol grubu

Kontrol grubu, gözlük değerlendirmesi amacıyla göz polikliniğine başvuran ve belirlenmiş bir göz patolojisi bulunmayan kişilerden oluşturulmuştur.

Çalışma dışı bırakma ölçütleri

AH dışında bir nörodejeneratif hastalığı bulunan katılımcılar çalışma dışında bırakılmıştır. Glokom, diyabetik retinopati, yaşa bağlı makula dejenerasyonu veya katarakt gibi retina görüntülerini ya da ölçümlerini etkileyebilecek göz hastalığı bulunan kişiler AH, hafif bilişsel bozukluk veya sağlıklı kontrol gruplarına dâhil edilmemiştir.

Toplanan bilgiler

Çalışma kapsamında aşağıdaki bilgiler toplanmıştır:

• nörolojik muayene sonuçları;
• yaş ve cinsiyet;
• Bilgilendirilmiş Gönüllü Olur Formu;
• göz muayenesi bulguları; ve
• OCT ve OCTA çekimlerine ait kaynak veriler.

Onam formları yayımlanan veri kümesine dâhil değildir.

Görüntüleme cihazı ve çekim

• Cihaz: Optovue RTVue-XR
• Çekim parametreleri: Veri kümesiyle birlikte sunulan Optovue_Parameters.pdf dosyasına bakınız.

Erişim ve lisans

Bu sürümdeki tüm dosyalar açık erişimlidir. Veri kümesi Creative Commons Atıf 4.0 Uluslararası Lisansı (CC BY 4.0) ile yayımlanmıştır. Uygun atıf yapılması, lisansa bağlantı verilmesi ve yapılan değişikliklerin belirtilmesi koşuluyla veriler herhangi bir amaçla paylaşılabilir ve uyarlanabilir.

Veri kümesi, uzun süreli koruma ve erişim amacıyla TÜBİTAK ULAKBİM açık veri arşivi Aperta'da saklanmaktadır. Veri yönetiminde TÜBİTAK araştırma verilerinin yönetimi ve paylaşımına ilişkin çerçeve temel alınmıştır.

Dizin yapısı

Ana dizin olan ExportAntalya aşağıdaki biçimde düzenlenmiştir:

ExportAntalya/
├── matching_ids.csv
├── veri_metadata.xlsx
├── BscansAnonymus/
├── ExportAngioAnonymus/
├── OCT/
└── ExportXML/
    ├── *.xml
    ├── curve/
    ├── ExportAngio/
    └── map/
    

Dizin ve dosya açıklamaları

• matching_ids.csv: Farklı veri türlerinde kullanılan kimliksizleştirilmiş katılımcı tanımlayıcılarını eşleştiren referans tablosu.
• veri_metadata.xlsx: Hasta ve kontrol gruplarına ait bazı muayene ve katılımcı verileri.
• BscansAnonymus/: JPEG biçimindeki OCT B-tarama görüntüleri.
• ExportAngioAnonymus/: PNG biçimindeki OCTA görüntüleri.
• ExportXML/: Çekimlere ait XML üst verileri ile aşağıda açıklanan alt dizinleri içerir.
  • curve/: layers, OD (sağ göz), OS (sol göz) ve XML biçimi dizinlerini içeren retina katmanı verileri.
  • ExportAngio/Analysis/: Anonimized_ExportParameters_Macula_6mm ve Retina3DFlowDensityExportResult gibi çekim analizi raporları.
  • map/: .raw biçimindeki ham OCT harita verileri.
  • OCT/: Özgün .OCT dosyaları, BMP biçimindeki fundus görüntüleri ve bunlarla ilişkili metin biçimindeki üst veriler.

Ham OCT dosyalarının okunması

ExportXML/OCT/ dizinindeki ham .OCT dosyaları, Python tabanlı OCTExplorer kütüphanesi kullanılarak açılabilir ve dışa aktarılabilir. Analiz öncesinde OCTExplorer belgelerine başvurulması; dışa aktarılan verilerin boyut, aralık ve üst bilgilerinin doğrulanması önerilir.

İlgili yayın (lütfen atıf yapınız)

Büşra Sahin, Yasemin Turkan, Fatih Arpacı, Ozan Arslan, Sude Dilay Tunç, Gonca Kaplan, Devrim Toslak, Mehmet Bulut, Aylin Yaman ve Faik Boray Tek. “Alzheimer-OCT Dataset and Detection of Alzheimer’s Disease Using Deep Learning.” SIU 2026, İstanbul, Türkiye.

Tam kaynak bilgisi hazır olduğunda bu bölüme eklenecektir.

Proje ekibi ve katkı sunanlar

Yasemin Turkan, Fatih Arpacı, Ozan Arslan, Büşra Sahin, Öykü Eren, Miraç Buğra Özkan, Serdar Nazlı, Ömer Faruk Aydın, Efe Kırbıyık, Elif Kuş, Abdullah Kavaklı, Mevlüt Celal Öcal, Devrim Toslak, Mehmet Bulut, Aylin Yaman ve Faik Boray Tek.

Finansal destek ve kaynak desteği

TÜBİTAK, Yusuf Kenan Küçükaslan ailesi, BEMO Group.

İnternet sitesi

octa.itu.edu.tr

Sürüm tarihi

Haziran 2026