TRITICUM BOEOTICUM BOISS. VE TRITICUM URARTU THUM. EX GANDIL. (POACEAE) TURLERINE AIT POPULASYONLARIN YENI NESIL DIZILEME YÖNTEMI ILE ARAŞTIRILMASI

Bu tez çalışmasında Triticum baeoticum Boiss. ve Triticum urartu Thum. Ex. Gandil. türlerine ait popülasyonları temsil eden 94 aksesyonun DArTseq dizileme metodu kullanılarak tür içi ve türler arasındaki farklılıklarının ortaya konması amaçlanmıştır. Gerçekleştirilen tez çalışmasında kullanılan 59 adet Triticum urartu aksesyonu USDA (U. S. Department of Agriculture)' 'dan elde edilmiş olup, 34 adet Triticum baeoticum aksesyonu ise TTGB (Türkiye Tohum Gen Bankası)'den elde edilmiştir. 94 aksesyona ait tohumlar TTGB iklimlendirme kabininde çimlendirildikten sonra TTGB Moleküler Biyoloji Laboratuvarı'nda DNA izolasyonları gerçekleştirilmiştir. Saflaştırılan DNA'lar DArTseq dizilemesinin gerçekleştirilmesi için Diversity Arrays Technologies'e gönderilmiştir. DArT tarafından sağlanan SNP ve SilicoDArT verisetleri genotip verisini 2 farklı şekilde depolayan dosya formatlarıdır. SNP veri seti genotip verisini 0, 1 ve 2 şeklinde depolarken, SilicoDArT verisi 0/1 (var/yok) olarak depolamaktadır. DArT tarafından sağlanan SNP ve SilicoDArT verisetlerinden sırasıyla 56.188 ve 105.260 SNP ve SilicoDArT lokusu elde edilmiştir. Gerekli olan kalite filtrelemeleri sonrasında SNP ve SilicoDArT verisetlerinde bulunan lokus sayısı sırasıyla 16.898 ve 100.103 lokusa düşmüştür. Kalitesi ve tekrarlanabilirlik oranı yüksek olan genotip verileri ile popülasyon yapılarının ortaya çıkarılması için ADMIXTURE programı kullanılmıştır. Çapraz doğrulama hatası en düşük olan K değerine ve loglikelihood değeri en yüksek olan K değerine sahip olan Q matriksleri popülasyon yapısını incelemek için dendrogramlara dönüştürülmüştür. T. urartu ve T. baeoticum türlerine ait popülasyonlar arası varyansı ortaya çıkarmak için AMOVA analizi gerçekleştirilmiştir. Popülasyonlar arası ana varyasyon kaynaklarını iki boyutlu düzlemde görselleştirebilmek için PCoA analizi gerçekleştirilmiştir. 94 aksesyon arasındaki evrimsel ilişkinin ortaya konulabilmesi için SNP veri setinden elde edilen FASTA dosyası maksimum olabilirlik (maximum likelihood) istatiksel metodu ve UPGMA (aritmetik ortalama ile ağırlıksız çift grup yöntemi) kümeleme algoritması kullanılarak dendrogramlara dönüştürülmüş ve iToL v6.8 kullanılarak görselleştirilmiştir. Gerçekleştirilen analizler sonucunda T. urartu ve T. baeoticum türlerine ait aksesyonların iki farklı türe ait farklı popülasyonlara olduğu gözlemlenmiştir. Analizler sonucunda, Triticum urartu ve Triticum baeoticum türleri arasında yüksek düzeyde genetik çeşitliliğin var olduğu gözlemlenmiştir. Bu yüksek çeşitlilik, AMOVA analizindeki yüksek Phi-statistics değeri ve PCoA analizindeki geniş varyans ile de desteklenmektedir. Bunun yanı sıra DArTseq dizileme metodunun birbirinden morfolojik olarak ayırt edilmesi güç türleri moleküler olarak ayırt edebilen, maliyet ve hız açısından güçlü bir teknik olduğu anlaşılmıştır.